故事描述美国总统乘坐的空军一号飞机在著名的百慕大三角地区坠毁，一支海军救援队赶到现场实施救援。他们发现人类的出现唤醒了一只邪恶的大海怪，整个美国东海岸乃至全世界都可能因此遭殃...
為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。 後來因古萊姆引入了侵略機械人，把目標由犯罪轉變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰況更加白熱化。
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